1141年（永治元年）現在の岡山県に生まれます。1154年（久寿元年）14歳のときに比叡山延暦寺において出家得度し、天台宗の教学と密教を学びます。1168年（仁安３年）、平氏の庇護を受けて南宋に留学し、繁栄していた禅宗を学びます。

1187年（文治３年）にも再び南宋を訪れ天台山万年寺に学び、臨済宗黄龍派の嗣法を授けられ帰国します。

九州北部を中心に布教し、1195年（建久６年）博多に日本初の禅宗道場である聖福寺を建立します。1198年（建久９年）には『興禅護国論』を著し、禅は既存の宗派と対立するものではなく、仏法の復興を目指すものであると説きます。その後は鎌倉に下向し幕府の庇護を受け、布教につとめます。

1200年（正治２年）、北条政子が建立した寿福寺の住職に招かれ、1202年（建仁２年）には源頼家を開基とした禅・天台・真言、三宗兼学の寺院、京都の建仁寺を建立します。

鎌倉幕府が栄西を庇護したため鎌倉には幕府の実力者が建立した臨済宗寺院が多くあります。鎌倉幕府が制定し、室町幕府が現在の形とした鎌倉五山、建長寺、円覚寺、寿福寺、浄智寺、浄妙寺はいずれも臨済宗の寺院です。